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Update: Sun Jan 31 07:00:30 2021 (UTC+2)

Author: Olivier Friard - Department of Life Sciences and Systems Biology - University of Turin - Italy

We gratefully acknowledge the Authors of the Originating and Submitting laboratories of the genetic sequence and metadata shared via GISAID, on which this research is based.
The isolates collection dates are in YYYY-MM-DD format (ISO 8601).

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United Kingdom

Number of isolates sequences available: 192124

Method

When the target sequence of amplification systems is available the primers and probe are aligned against the target sequence using the Smith-Waterman local sequence alignment algorithm and the alignments are classified in 3 categories:
             Full match - All primers and probe have a 100% identity with the target sequence. In case of a 2 probes system (RdRP) at least one probe must have a 100% identity.
             The identities of forward/reverse primers AND probe are greater than or equal to 80% AND the length of the amplification product is comprised between the reference length plus/minus 8 bp.
             The identity of one primer OR the probe are less than 80% OR the length of the amplification product is NOT comprised between reference length plus/minus 8 bp.

If the target sequence is not available the The sequence is not available warning is shown.
Please note that the reverse primer sequence is shown reverted-complemented in the alignments.

Results

Move the mouse cursor over elements to see the details.

Virus name / Accession IDRegionCollection date2019-nCoV_N12019-nCoV_N22019-nCoV_N3E-SarbecoRdRP
EPI_ISL_513310
EPI_ISL_513311
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England/02/2020 EPI_ISL_407073England2020-01-29
England/09c/2020 EPI_ISL_412116England2020-02-09
England/200940527/2020 EPI_ISL_414005England2020-02-25
England/200990724/2020 EPI_ISL_414006England2020-02-28
England/200990725/2020 EPI_ISL_414007England2020-02-28
England/200960041/2020 EPI_ISL_414008England2020-02-27
England/200960515/2020 EPI_ISL_414009England2020-02-25
England/200981386/2020 EPI_ISL_414010England2020-02-26
England/200990006/2020 EPI_ISL_414011England2020-02-26
England/200990723/2020 EPI_ISL_414012England2020-02-27
England/201000003/2020 EPI_ISL_414013England2020-03-01
England/200641094/2020 EPI_ISL_414040England2020-02-05
England/200690245/2020 EPI_ISL_414041England2020-02-08
England/200690300/2020 EPI_ISL_414042England2020-02-08
England/200690306/2020 EPI_ISL_414043England2020-02-07
England/200690756/2020 EPI_ISL_414044England2020-02-08
England/Sheff01/2020 EPI_ISL_414500England2020-03-04
England/Sheff02/2020 EPI_ISL_414501England2020-03-03
England/200990002/2020 EPI_ISL_414522England2020-02-28
England/200990660/2020 EPI_ISL_414523England2020-02-27
England/200991076/2020 EPI_ISL_414524England2020-03-01
England/201040081/2020 EPI_ISL_414525England2020-03-02
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England/20099079106/2020 EPI_ISL_415130England2020-03-01
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England/20100004706/2020 EPI_ISL_415133England2020-02-29
England/20100004806/2020 EPI_ISL_415134England2020-02-29
England/20100005406/2020 EPI_ISL_415135England2020-02-28
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England/20100121007/2020 EPI_ISL_415141England2020-02-29
England/20100122106/2020 EPI_ISL_415142England2020-03-02
England/20100122107/2020 EPI_ISL_415143England2020-03-02
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England/20102000306/2020 EPI_ISL_415146England2020-03-01
England/20102000506/2020 EPI_ISL_415147England2020-03-01
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England/20102068506/2020 EPI_ISL_415149England2020-03-01
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England/SHEF-BFCB1/2020 EPI_ISL_416730England2020-03-03
England/SHEF-BFCC0/2020 EPI_ISL_416731England2020-03-03
England/SHEF-BFCDF/2020 EPI_ISL_416732England2020-03-03
England/SHEF-BFCEE/2020 EPI_ISL_416733England2020-03-07
England/SHEF-BFCFD/2020 EPI_ISL_416734England2020-03-09
England/SHEF-BFD09/2020 EPI_ISL_416735England2020-03-09
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England/SHEF-BFD27/2020 EPI_ISL_416737England2020-03-03
England/SHEF-BFD36/2020 EPI_ISL_416738England2020-03-09
England/SHEF-BFD45/2020 EPI_ISL_416739England2020-03-09
England/SHEF-BFD54/2020 EPI_ISL_416740England2020-03-03
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England/20102073303/2020 EPI_ISL_417214England2020-03-02
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England/20109094206/2020 EPI_ISL_417291England2020-03-08
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England/SHEF-BFEE8/2020 EPI_ISL_418306England2020-03-25
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England/SHEF-BFF6D/2020 EPI_ISL_418313England2020-03-24
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