University of Turin logo DBIOS logo


Status of SARS-CoV-2 detection systems (RT-PCR)
enabled by data from GISAID logo


Update: Sun Oct 25 07:18:47 2020 (UTC+2)

Author: Olivier Friard - Department of Life Sciences and Systems Biology - University of Turin - Italy

We gratefully acknowledge the Authors of the Originating and Submitting laboratories of the genetic sequence and metadata shared via GISAID, on which this research is based.
The isolates collection dates are in YYYY-MM-DD format (ISO 8601).

Go to home

Peru

Number of isolates sequences available: 384

Method

When the target sequence of amplification systems is available the primers and probe are aligned against the target sequence using the Smith-Waterman local sequence alignment algorithm and the alignments are classified in 3 categories:
             Full match - All primers and probe have a 100% identity with the target sequence. In case of a 2 probes system (RdRP) at least one probe must have a 100% identity.
             The identities of forward/reverse primers AND probe are greater than or equal to 80% AND the length of the amplification product is comprised between the reference length plus/minus 8 bp.
             The identity of one primer OR the probe are less than 80% OR the length of the amplification product is NOT comprised between reference length plus/minus 8 bp.

If the target sequence is not available the The sequence is not available warning is shown.
Please note that the reverse primer sequence is shown reverted-complemented in the alignments.

Results

Move the mouse cursor over elements to see the details.

Virus name / Accession IDRegionCollection date2019-nCoV_N12019-nCoV_N22019-nCoV_N3E-SarbecoRdRP
EPI_ISL_547878
EPI_ISL_547879
EPI_ISL_547880
EPI_ISL_547881
EPI_ISL_547882
EPI_ISL_547883
EPI_ISL_547884
EPI_ISL_547885
EPI_ISL_547886
EPI_ISL_547887
EPI_ISL_547888
EPI_ISL_547889
EPI_ISL_547890
EPI_ISL_547891
EPI_ISL_547892
EPI_ISL_547893
EPI_ISL_547894
EPI_ISL_547895
EPI_ISL_547896
EPI_ISL_547897
EPI_ISL_547898
EPI_ISL_547899
EPI_ISL_547900
EPI_ISL_547901
EPI_ISL_547902
EPI_ISL_547903
EPI_ISL_547904
EPI_ISL_547905
EPI_ISL_547906
EPI_ISL_547907
EPI_ISL_547908
EPI_ISL_547909
EPI_ISL_547910
EPI_ISL_547911
EPI_ISL_547912
EPI_ISL_547913
EPI_ISL_547914
EPI_ISL_547915
EPI_ISL_547916
EPI_ISL_547917
EPI_ISL_547918
EPI_ISL_547919
EPI_ISL_547920
EPI_ISL_547921
EPI_ISL_547922
EPI_ISL_547923
EPI_ISL_547924
EPI_ISL_547925
EPI_ISL_547926
EPI_ISL_547927
EPI_ISL_547928
EPI_ISL_547929
EPI_ISL_547930
EPI_ISL_547931
EPI_ISL_547932
EPI_ISL_547933
EPI_ISL_547934
EPI_ISL_547935
EPI_ISL_547936
EPI_ISL_547937
EPI_ISL_547938
EPI_ISL_547939
EPI_ISL_547940
EPI_ISL_547941
EPI_ISL_547942
EPI_ISL_547943
EPI_ISL_547944
EPI_ISL_547945
EPI_ISL_547946
EPI_ISL_547947
EPI_ISL_547948
EPI_ISL_547949
EPI_ISL_547950
EPI_ISL_547951
EPI_ISL_547952
EPI_ISL_547953
EPI_ISL_547954
EPI_ISL_547955
EPI_ISL_547956
EPI_ISL_547957
EPI_ISL_547958
EPI_ISL_547959
EPI_ISL_547960
EPI_ISL_547961
EPI_ISL_547962
EPI_ISL_547963
EPI_ISL_547964
EPI_ISL_516628Ancash
EPI_ISL_516653Ancash
EPI_ISL_516654Ancash
EPI_ISL_516685Ancash
EPI_ISL_516686Ancash
EPI_ISL_516987Ancash
EPI_ISL_517687Ancash
EPI_ISL_529078Ancash
EPI_ISL_536482Ancash
EPI_ISL_536483Ancash
EPI_ISL_536484Ancash
EPI_ISL_536491Ancash
EPI_ISL_536529Ancash
EPI_ISL_540923Ancash
EPI_ISL_540940Ancash
EPI_ISL_540983Ancash
EPI_ISL_540984Ancash
EPI_ISL_540985Ancash
EPI_ISL_491431Arequipa
EPI_ISL_516626Arequipa
EPI_ISL_523979Arequipa
EPI_ISL_527787Arequipa
EPI_ISL_527789Arequipa
EPI_ISL_536557Arequipa
EPI_ISL_536558Arequipa
EPI_ISL_540924Arequipa
EPI_ISL_540987Arequipa
EPI_ISL_540988Arequipa
EPI_ISL_517713Cajamarca
EPI_ISL_517770Cajamarca
EPI_ISL_529070Callao
EPI_ISL_529073Callao
EPI_ISL_529074Callao
EPI_ISL_529079Callao
EPI_ISL_536479Callao
EPI_ISL_536480Callao
EPI_ISL_536481Callao
EPI_ISL_536502Callao
EPI_ISL_536503Callao
EPI_ISL_536504Callao
EPI_ISL_536530Callao
EPI_ISL_536532Callao
EPI_ISL_536556Callao
EPI_ISL_540927Callao
EPI_ISL_540928Callao
EPI_ISL_540935Callao
EPI_ISL_540937Callao
EPI_ISL_540938Callao
EPI_ISL_540941Callao
EPI_ISL_540946Callao
EPI_ISL_540953Callao
EPI_ISL_540958Callao
EPI_ISL_540967Callao
EPI_ISL_540970Callao
EPI_ISL_540975Callao
EPI_ISL_540976Callao
EPI_ISL_514338Cusco
EPI_ISL_517958Cusco
EPI_ISL_489839Huanuco
EPI_ISL_489989Ica
EPI_ISL_491462Ica
EPI_ISL_491464Ica
EPI_ISL_517531Ica
EPI_ISL_536505Ica
EPI_ISL_536506Ica
EPI_ISL_536507Ica
EPI_ISL_536559Ica
EPI_ISL_516647Junin
EPI_ISL_524471Junin
EPI_ISL_536525Junin
EPI_ISL_536526Junin
EPI_ISL_536528Junin
EPI_ISL_536546Junin
EPI_ISL_536547Junin
EPI_ISL_568515Junin
EPI_ISL_517686La Libertad
EPI_ISL_523810La Libertad
EPI_ISL_525206La Libertad
EPI_ISL_540986La Libertad
EPI_ISL_491459Lambayeque
EPI_ISL_491460Lambayeque
EPI_ISL_491461Lambayeque
EPI_ISL_514264Lambayeque
EPI_ISL_514265Lambayeque
EPI_ISL_523954Lambayeque
EPI_ISL_523994Lambayeque
EPI_ISL_529067Lambayeque
EPI_ISL_536523Lambayeque
EPI_ISL_536524Lambayeque
EPI_ISL_536562Lambayeque
EPI_ISL_536563Lambayeque
EPI_ISL_536564Lambayeque
EPI_ISL_593772Lambayeque
EPI_ISL_593773Lambayeque
EPI_ISL_593774Lambayeque
EPI_ISL_593775Lambayeque
EPI_ISL_593776Lambayeque
Peru/010/2020 EPI_ISL_415787Lima2020-03-10
EPI_ISL_482468Lima
EPI_ISL_487269Lima
EPI_ISL_489836Lima
EPI_ISL_489837Lima
EPI_ISL_489838Lima
EPI_ISL_489987Lima
EPI_ISL_489988Lima
EPI_ISL_489990Lima
EPI_ISL_490209Lima
EPI_ISL_490315Lima
EPI_ISL_490316Lima
EPI_ISL_490975Lima
EPI_ISL_490976Lima
EPI_ISL_491172Lima
EPI_ISL_491427Lima
EPI_ISL_491428Lima
EPI_ISL_491429Lima
EPI_ISL_491430Lima
EPI_ISL_491432Lima
EPI_ISL_491433Lima
EPI_ISL_491434Lima
EPI_ISL_491435Lima
EPI_ISL_491436Lima
EPI_ISL_491458Lima
EPI_ISL_491463Lima
EPI_ISL_514226Lima
EPI_ISL_514227Lima
EPI_ISL_516646Lima
EPI_ISL_516721Lima
EPI_ISL_516722Lima
EPI_ISL_517959Lima
EPI_ISL_524473Lima
EPI_ISL_529065Lima
EPI_ISL_529066Lima
EPI_ISL_529068Lima
EPI_ISL_529069Lima
EPI_ISL_529071Lima
EPI_ISL_529072Lima
EPI_ISL_529075Lima
EPI_ISL_529076Lima
EPI_ISL_529077Lima
EPI_ISL_536477Lima
EPI_ISL_536478Lima
EPI_ISL_536485Lima
EPI_ISL_536486Lima
EPI_ISL_536487Lima
EPI_ISL_536488Lima
EPI_ISL_536489Lima
EPI_ISL_536490Lima
EPI_ISL_536492Lima
EPI_ISL_536493Lima
EPI_ISL_536494Lima
EPI_ISL_536495Lima
EPI_ISL_536496Lima
EPI_ISL_536497Lima
EPI_ISL_536498Lima
EPI_ISL_536499Lima
EPI_ISL_536500Lima
EPI_ISL_536501Lima
EPI_ISL_536508Lima
EPI_ISL_536509Lima
EPI_ISL_536510Lima
EPI_ISL_536511Lima
EPI_ISL_536512Lima
EPI_ISL_536513Lima
EPI_ISL_536514Lima
EPI_ISL_536515Lima
EPI_ISL_536516Lima
EPI_ISL_536517Lima
EPI_ISL_536518Lima
EPI_ISL_536519Lima
EPI_ISL_536520Lima
EPI_ISL_536521Lima
EPI_ISL_536522Lima
EPI_ISL_536527Lima
EPI_ISL_536531Lima
EPI_ISL_536533Lima
EPI_ISL_536534Lima
EPI_ISL_536535Lima
EPI_ISL_536536Lima
EPI_ISL_536537Lima
EPI_ISL_536538Lima
EPI_ISL_536539Lima
EPI_ISL_536540Lima
EPI_ISL_536541Lima
EPI_ISL_536542Lima
EPI_ISL_536543Lima
EPI_ISL_536544Lima
EPI_ISL_536545Lima
EPI_ISL_536548Lima
EPI_ISL_536549Lima
EPI_ISL_536550Lima
EPI_ISL_536551Lima
EPI_ISL_536552Lima
EPI_ISL_536553Lima
EPI_ISL_536554Lima
EPI_ISL_536555Lima
EPI_ISL_536560Lima
EPI_ISL_536561Lima
EPI_ISL_536565Lima
EPI_ISL_540925Lima
EPI_ISL_540926Lima
EPI_ISL_540929Lima
EPI_ISL_540930Lima
EPI_ISL_540931Lima
EPI_ISL_540932Lima
EPI_ISL_540933Lima
EPI_ISL_540934Lima
EPI_ISL_540936Lima
EPI_ISL_540939Lima
EPI_ISL_540942Lima
EPI_ISL_540943Lima
EPI_ISL_540944Lima
EPI_ISL_540945Lima
EPI_ISL_540947Lima
EPI_ISL_540948Lima
EPI_ISL_540949Lima
EPI_ISL_540951Lima
EPI_ISL_540952Lima
EPI_ISL_540954Lima
EPI_ISL_540955Lima
EPI_ISL_540956Lima
EPI_ISL_540957Lima
EPI_ISL_540959Lima
EPI_ISL_540960Lima
EPI_ISL_540961Lima
EPI_ISL_540962Lima
EPI_ISL_540963Lima
EPI_ISL_540964Lima
EPI_ISL_540965Lima
EPI_ISL_540966Lima
EPI_ISL_540968Lima
EPI_ISL_540969Lima
EPI_ISL_540971Lima
EPI_ISL_540972Lima
EPI_ISL_540973Lima
EPI_ISL_540974Lima
EPI_ISL_540977Lima
EPI_ISL_540978Lima
EPI_ISL_540979Lima
EPI_ISL_540980Lima
EPI_ISL_540981Lima
EPI_ISL_540982Lima
EPI_ISL_540989Lima
EPI_ISL_540990Lima
EPI_ISL_540991Lima
EPI_ISL_540992Lima
EPI_ISL_545955Lima
EPI_ISL_568510Lima
EPI_ISL_568511Lima
EPI_ISL_568512Lima
EPI_ISL_568513Lima
EPI_ISL_568514Lima
EPI_ISL_568516Lima
EPI_ISL_568517Lima
EPI_ISL_568518Lima
EPI_ISL_568519Lima
EPI_ISL_568520Lima
EPI_ISL_568521Lima
EPI_ISL_568522Lima
EPI_ISL_568523Lima
EPI_ISL_568524Lima
EPI_ISL_568525Lima
EPI_ISL_568526Lima
EPI_ISL_568527Lima
EPI_ISL_568528Lima
EPI_ISL_568529Lima
EPI_ISL_568530Lima
EPI_ISL_568531Lima
EPI_ISL_568532Lima
EPI_ISL_568533Lima
EPI_ISL_568534Lima
EPI_ISL_568535Lima
EPI_ISL_568536Lima
EPI_ISL_568537Lima
EPI_ISL_568538Lima
EPI_ISL_568539Lima
EPI_ISL_568540Lima
EPI_ISL_568541Lima
EPI_ISL_568542Lima
EPI_ISL_568543Lima
EPI_ISL_568544Lima
EPI_ISL_568545Lima
EPI_ISL_568546Lima
EPI_ISL_568547Lima
EPI_ISL_568548Lima
EPI_ISL_568549Lima
EPI_ISL_568550Lima
EPI_ISL_568551Lima
EPI_ISL_568552Lima
EPI_ISL_568553Lima
EPI_ISL_568554Lima
EPI_ISL_568555Lima
EPI_ISL_514317Loreto
EPI_ISL_514339Loreto
EPI_ISL_514340Loreto
EPI_ISL_514341Loreto
EPI_ISL_514342Loreto
EPI_ISL_540950Ucayali

Download all results


GISAID data provided on this website is subject to GISAID’s Terms and Conditions | Privacy policy of University of Turin.