Status of SARS-CoV-2 detection systems (RT-PCR)
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Update: Sun Jan 31 07:00:30 2021 (UTC+2)

Author: Olivier Friard - Department of Life Sciences and Systems Biology - University of Turin - Italy

We gratefully acknowledge the Authors of the Originating and Submitting laboratories of the genetic sequence and metadata shared via GISAID, on which this research is based.
The isolates collection dates are in YYYY-MM-DD format (ISO 8601).

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Italy

Number of isolates sequences available: 3011

Method

When the target sequence of amplification systems is available the primers and probe are aligned against the target sequence using the Smith-Waterman local sequence alignment algorithm and the alignments are classified in 3 categories:
             Full match - All primers and probe have a 100% identity with the target sequence. In case of a 2 probes system (RdRP) at least one probe must have a 100% identity.
             The identities of forward/reverse primers AND probe are greater than or equal to 80% AND the length of the amplification product is comprised between the reference length plus/minus 8 bp.
             The identity of one primer OR the probe are less than 80% OR the length of the amplification product is NOT comprised between reference length plus/minus 8 bp.

If the target sequence is not available the The sequence is not available warning is shown.
Please note that the reverse primer sequence is shown reverted-complemented in the alignments.

Results

Move the mouse cursor over elements to see the details.

Virus name / Accession ID	Region	Collection date	2019-nCoV_N1	2019-nCoV_N2	2019-nCoV_N3	E-Sarbeco	RdRP
EPI_ISL_414512			The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available
EPI_ISL_509418			The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available
EPI_ISL_509419			The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available
EPI_ISL_509420			The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available
EPI_ISL_509421			The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available
EPI_ISL_509422			The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available
EPI_ISL_509423			The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available	The sequence is not available
Italy/TE4925/2020 EPI_ISL_418255	Abruzzo	2020-03-14
Italy/TE4880/2020 EPI_ISL_418256	Abruzzo	2020-03-14
Italy/TE5056/2020 EPI_ISL_418257	Abruzzo	2020-03-17
Italy/TE4953/2020 EPI_ISL_418258	Abruzzo	2020-03-14
Italy/TE4959/2020 EPI_ISL_418259	Abruzzo	2020-03-14
Italy/TE4836/2020 EPI_ISL_418260	Abruzzo	2020-03-16
Italy/TE5052/2020 EPI_ISL_418261	Abruzzo	2020-03-17
Italy/TE5166/2020 EPI_ISL_420563	Abruzzo	2020-03-18
Italy/TE5472/2020 EPI_ISL_420564	Abruzzo	2020-03-19
Italy/TE5476/2020 EPI_ISL_420565	Abruzzo	2020-03-19
Italy/TE5512/2020 EPI_ISL_420566	Abruzzo	2020-03-19
Italy/TE5780/2020 EPI_ISL_420567	Abruzzo	2020-03-21
Italy/6193/2020 EPI_ISL_420568	Abruzzo	2020-03-23
Italy/TE6195/2020 EPI_ISL_420569	Abruzzo	2020-03-23
Italy/TE6222/2020 EPI_ISL_420583	Abruzzo	2020-03-23
Italy/TE6225/2020 EPI_ISL_420592	Abruzzo	2020-03-23
Italy/TE5551/2020 EPI_ISL_429226	Abruzzo	2020-03-17
Italy/TE5553/2020 EPI_ISL_429227	Abruzzo	2020-03-17
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Italy/TE6571/2020 EPI_ISL_429231	Abruzzo	2020-03-24
Italy/TE6572/2020 EPI_ISL_429232	Abruzzo	2020-03-24
Italy/TE6575/2020 EPI_ISL_429233	Abruzzo	2020-03-24
Italy/TE6577/2020 EPI_ISL_429234	Abruzzo	2020-03-24
Italy/TE6580/2020 EPI_ISL_429235	Abruzzo	2020-03-24
Italy/TE7859/2020 EPI_ISL_429236	Abruzzo	2020-03-28
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