University of Turin logo DBIOS logo


Status of SARS-CoV-2 detection systems (RT-PCR)
enabled by data from GISAID logo


Update: Sun Oct 25 07:18:47 2020 (UTC+2)

Author: Olivier Friard - Department of Life Sciences and Systems Biology - University of Turin - Italy

We gratefully acknowledge the Authors of the Originating and Submitting laboratories of the genetic sequence and metadata shared via GISAID, on which this research is based.
The isolates collection dates are in YYYY-MM-DD format (ISO 8601).

Go to home

Finland

Number of isolates sequences available: 267

Method

When the target sequence of amplification systems is available the primers and probe are aligned against the target sequence using the Smith-Waterman local sequence alignment algorithm and the alignments are classified in 3 categories:
             Full match - All primers and probe have a 100% identity with the target sequence. In case of a 2 probes system (RdRP) at least one probe must have a 100% identity.
             The identities of forward/reverse primers AND probe are greater than or equal to 80% AND the length of the amplification product is comprised between the reference length plus/minus 8 bp.
             The identity of one primer OR the probe are less than 80% OR the length of the amplification product is NOT comprised between reference length plus/minus 8 bp.

If the target sequence is not available the The sequence is not available warning is shown.
Please note that the reverse primer sequence is shown reverted-complemented in the alignments.

Results

Move the mouse cursor over elements to see the details.

Virus name / Accession IDRegionCollection date2019-nCoV_N12019-nCoV_N22019-nCoV_N3E-SarbecoRdRP
Finland/FIN-114/2020 EPI_ISL_4146402020-03-01
Finland/FIN-313/2020 EPI_ISL_4146412020-03-05
Finland/FIN-455/2020 EPI_ISL_4146422020-03-08
Finland/FIN-508/2020 EPI_ISL_4146432020-03-07
Finland/FIN-318/2020 EPI_ISL_4146442020-03-04
Finland/FIN-274/2020 EPI_ISL_4146452020-03-04
Finland/FIN-266/2020 EPI_ISL_4146462020-03-04
Finland/13M19/2020 EPI_ISL_4183852020-03-13
Finland/13M26/2020 EPI_ISL_4183862020-03-13
Finland/13M27/2020 EPI_ISL_4183872020-03-13
Finland/13M29/2020 EPI_ISL_4183882020-03-13
Finland/13M3/2020 EPI_ISL_4183892020-03-13
Finland/13M33/2020 EPI_ISL_4183902020-03-13
Finland/13M57/2020 EPI_ISL_4183912020-03-13
Finland/13M58/2020 EPI_ISL_4183922020-03-13
Finland/13M60/2020 EPI_ISL_4183932020-03-13
Finland/13M64/2020 EPI_ISL_4183942020-03-13
Finland/13M65/2020 EPI_ISL_4183952020-03-13
Finland/13M69/2020 EPI_ISL_4183962020-03-13
Finland/13M77/2020 EPI_ISL_4183972020-03-13
Finland/13M79/2020 EPI_ISL_4183982020-03-13
Finland/13M82/2020 EPI_ISL_4183992020-03-13
Finland/13M83/2020 EPI_ISL_4184002020-03-13
Finland/14M12/2020 EPI_ISL_4184012020-03-14
Finland/14M13/2020 EPI_ISL_4184022020-03-14
Finland/14M14/2020 EPI_ISL_4184032020-03-14
Finland/14M16/2020 EPI_ISL_4184042020-03-14
Finland/14M20/2020 EPI_ISL_4184052020-03-14
Finland/14M26/2020 EPI_ISL_4184062020-03-14
Finland/FIN-25/2020 EPI_ISL_412971Helsinki2020-02-25
Finland/FIN03032020A/2020 EPI_ISL_413602Helsinki2020-03-03
Finland/FIN03032020B/2020 EPI_ISL_413603Helsinki2020-03-03
Finland/FIN03032020C/2020 EPI_ISL_413604Helsinki2020-03-03
Finland/FIN01032020/2020 EPI_ISL_413605Helsinki2020-03-01
Finland/14M3/2020 EPI_ISL_418407Helsinki2020-03-14
Finland/14M32/2020 EPI_ISL_418408Helsinki2020-03-14
Finland/14M74/2020 EPI_ISL_418409Helsinki2020-03-14
Finland/14M77/2020 EPI_ISL_418410Helsinki2020-03-14
Finland/14M82/2020 EPI_ISL_418411Helsinki2020-03-14
Finland/1/2020 EPI_ISL_407079Lapland2020-01-29
EPI_ISL_481513Uusimaa
EPI_ISL_481514Uusimaa
EPI_ISL_481515Uusimaa
EPI_ISL_481516Uusimaa
EPI_ISL_481517Uusimaa
EPI_ISL_481518Uusimaa
EPI_ISL_481519Uusimaa
EPI_ISL_481520Uusimaa
EPI_ISL_481521Uusimaa
EPI_ISL_481522Uusimaa
EPI_ISL_481523Uusimaa
EPI_ISL_481524Uusimaa
EPI_ISL_481525Uusimaa
EPI_ISL_481526Uusimaa
EPI_ISL_481527Uusimaa
EPI_ISL_481528Uusimaa
EPI_ISL_481529Uusimaa
EPI_ISL_481530Uusimaa
EPI_ISL_481531Uusimaa
EPI_ISL_481532Uusimaa
EPI_ISL_481533Uusimaa
EPI_ISL_481534Uusimaa
EPI_ISL_481535Uusimaa
EPI_ISL_481536Uusimaa
EPI_ISL_481537Uusimaa
EPI_ISL_481538Uusimaa
EPI_ISL_481539Uusimaa
EPI_ISL_481540Uusimaa
EPI_ISL_481541Uusimaa
EPI_ISL_481542Uusimaa
EPI_ISL_481543Uusimaa
EPI_ISL_481544Uusimaa
EPI_ISL_481545Uusimaa
EPI_ISL_481546Uusimaa
EPI_ISL_481547Uusimaa
EPI_ISL_481548Uusimaa
EPI_ISL_481549Uusimaa
EPI_ISL_481550Uusimaa
EPI_ISL_481551Uusimaa
EPI_ISL_481552Uusimaa
EPI_ISL_481553Uusimaa
EPI_ISL_481554Uusimaa
EPI_ISL_481555Uusimaa
EPI_ISL_481556Uusimaa
EPI_ISL_481557Uusimaa
EPI_ISL_481558Uusimaa
EPI_ISL_481559Uusimaa
EPI_ISL_481560Uusimaa
EPI_ISL_481561Uusimaa
EPI_ISL_481562Uusimaa
EPI_ISL_481563Uusimaa
EPI_ISL_481564Uusimaa
EPI_ISL_481565Uusimaa
EPI_ISL_481566Uusimaa
EPI_ISL_481567Uusimaa
EPI_ISL_481568Uusimaa
EPI_ISL_481569Uusimaa
EPI_ISL_481570Uusimaa
EPI_ISL_481571Uusimaa
EPI_ISL_481572Uusimaa
EPI_ISL_481573Uusimaa
EPI_ISL_481574Uusimaa
EPI_ISL_481575Uusimaa
EPI_ISL_481576Uusimaa
EPI_ISL_481577Uusimaa
EPI_ISL_481578Uusimaa
EPI_ISL_481579Uusimaa
EPI_ISL_481580Uusimaa
EPI_ISL_481581Uusimaa
EPI_ISL_481582Uusimaa
EPI_ISL_481583Uusimaa
EPI_ISL_481584Uusimaa
EPI_ISL_481585Uusimaa
EPI_ISL_481586Uusimaa
EPI_ISL_481587Uusimaa
EPI_ISL_481588Uusimaa
EPI_ISL_481589Uusimaa
EPI_ISL_481590Uusimaa
EPI_ISL_481591Uusimaa
EPI_ISL_481592Uusimaa
EPI_ISL_481593Uusimaa
EPI_ISL_481594Uusimaa
EPI_ISL_481595Uusimaa
EPI_ISL_481596Uusimaa
EPI_ISL_481597Uusimaa
EPI_ISL_481598Uusimaa
EPI_ISL_481599Uusimaa
EPI_ISL_481600Uusimaa
EPI_ISL_481601Uusimaa
EPI_ISL_481602Uusimaa
EPI_ISL_481603Uusimaa
EPI_ISL_481604Uusimaa
EPI_ISL_481605Uusimaa
EPI_ISL_481606Uusimaa
EPI_ISL_481607Uusimaa
EPI_ISL_481608Uusimaa
EPI_ISL_481609Uusimaa
EPI_ISL_481610Uusimaa
EPI_ISL_481611Uusimaa
EPI_ISL_481612Uusimaa
EPI_ISL_481613Uusimaa
EPI_ISL_481614Uusimaa
EPI_ISL_481615Uusimaa
EPI_ISL_481616Uusimaa
EPI_ISL_481617Uusimaa
EPI_ISL_481618Uusimaa
EPI_ISL_481619Uusimaa
EPI_ISL_481620Uusimaa
EPI_ISL_481621Uusimaa
EPI_ISL_481622Uusimaa
EPI_ISL_481623Uusimaa
EPI_ISL_481624Uusimaa
EPI_ISL_481625Uusimaa
EPI_ISL_481626Uusimaa
EPI_ISL_481627Uusimaa
EPI_ISL_481628Uusimaa
EPI_ISL_481629Uusimaa
EPI_ISL_481630Uusimaa
EPI_ISL_481631Uusimaa
EPI_ISL_481632Uusimaa
EPI_ISL_481633Uusimaa
EPI_ISL_481634Uusimaa
EPI_ISL_481635Uusimaa
EPI_ISL_481636Uusimaa
EPI_ISL_481637Uusimaa
EPI_ISL_481638Uusimaa
EPI_ISL_481639Uusimaa
EPI_ISL_481640Uusimaa
EPI_ISL_481641Uusimaa
EPI_ISL_481642Uusimaa
EPI_ISL_481643Uusimaa
EPI_ISL_481644Uusimaa
EPI_ISL_481645Uusimaa
EPI_ISL_481646Uusimaa
EPI_ISL_481647Uusimaa
EPI_ISL_481648Uusimaa
EPI_ISL_481649Uusimaa
EPI_ISL_481650Uusimaa
EPI_ISL_481651Uusimaa
EPI_ISL_481652Uusimaa
EPI_ISL_481653Uusimaa
EPI_ISL_481654Uusimaa
EPI_ISL_481655Uusimaa
EPI_ISL_481656Uusimaa
EPI_ISL_481657Uusimaa
EPI_ISL_481658Uusimaa
EPI_ISL_481659Uusimaa
EPI_ISL_481660Uusimaa
EPI_ISL_481661Uusimaa
EPI_ISL_481662Uusimaa
EPI_ISL_481663Uusimaa
EPI_ISL_481664Uusimaa
EPI_ISL_481665Uusimaa
EPI_ISL_481666Uusimaa
EPI_ISL_481667Uusimaa
EPI_ISL_481668Uusimaa
EPI_ISL_481669Uusimaa
EPI_ISL_481670Uusimaa
EPI_ISL_481671Uusimaa
EPI_ISL_481672Uusimaa
EPI_ISL_481673Uusimaa
EPI_ISL_481674Uusimaa
EPI_ISL_481675Uusimaa
EPI_ISL_481676Uusimaa
EPI_ISL_481677Uusimaa
EPI_ISL_481678Uusimaa
EPI_ISL_481679Uusimaa
EPI_ISL_481680Uusimaa
EPI_ISL_481681Uusimaa
EPI_ISL_481682Uusimaa
EPI_ISL_481683Uusimaa
EPI_ISL_481684Uusimaa
EPI_ISL_481685Uusimaa
EPI_ISL_481686Uusimaa
EPI_ISL_481687Uusimaa
EPI_ISL_481688Uusimaa
EPI_ISL_481689Uusimaa
EPI_ISL_481690Uusimaa
EPI_ISL_481691Uusimaa
EPI_ISL_481692Uusimaa
EPI_ISL_481693Uusimaa
EPI_ISL_481694Uusimaa
EPI_ISL_481695Uusimaa
EPI_ISL_481696Uusimaa
EPI_ISL_481697Uusimaa
EPI_ISL_481698Uusimaa
EPI_ISL_481699Uusimaa
EPI_ISL_481700Uusimaa
EPI_ISL_481701Uusimaa
EPI_ISL_481702Uusimaa
EPI_ISL_481703Uusimaa
EPI_ISL_481704Uusimaa
EPI_ISL_481705Uusimaa
EPI_ISL_481706Uusimaa
EPI_ISL_481707Uusimaa
EPI_ISL_481708Uusimaa
EPI_ISL_481709Uusimaa
EPI_ISL_481710Uusimaa
EPI_ISL_481711Uusimaa
EPI_ISL_481712Uusimaa
EPI_ISL_481713Uusimaa
EPI_ISL_481714Uusimaa
EPI_ISL_481715Uusimaa
EPI_ISL_481717Uusimaa
EPI_ISL_481718Uusimaa
EPI_ISL_481719Uusimaa
EPI_ISL_481720Uusimaa
EPI_ISL_481721Uusimaa
EPI_ISL_481722Uusimaa
EPI_ISL_481723Uusimaa
EPI_ISL_481724Uusimaa
EPI_ISL_481725Uusimaa
EPI_ISL_481726Uusimaa
EPI_ISL_481727Uusimaa
EPI_ISL_481728Uusimaa
EPI_ISL_481729Uusimaa
EPI_ISL_481730Uusimaa
EPI_ISL_481731Uusimaa
EPI_ISL_481732Uusimaa
EPI_ISL_481733Uusimaa
EPI_ISL_481734Uusimaa
EPI_ISL_481735Uusimaa
EPI_ISL_481736Uusimaa
EPI_ISL_481737Uusimaa
EPI_ISL_481738Uusimaa
EPI_ISL_481739Uusimaa
EPI_ISL_481740Uusimaa

Download all results


GISAID data provided on this website is subject to GISAID’s Terms and Conditions | Privacy policy of University of Turin.