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Update: Sun Jan 10 05:32:46 2021 (UTC+2)

Author: Olivier Friard - Department of Life Sciences and Systems Biology - University of Turin - Italy

We gratefully acknowledge the Authors of the Originating and Submitting laboratories of the genetic sequence and metadata shared via GISAID, on which this research is based.
The isolates collection dates are in YYYY-MM-DD format (ISO 8601).

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Argentina

Number of isolates sequences available: 481

Method

When the target sequence of amplification systems is available the primers and probe are aligned against the target sequence using the Smith-Waterman local sequence alignment algorithm and the alignments are classified in 3 categories:
             Full match - All primers and probe have a 100% identity with the target sequence. In case of a 2 probes system (RdRP) at least one probe must have a 100% identity.
             The identities of forward/reverse primers AND probe are greater than or equal to 80% AND the length of the amplification product is comprised between the reference length plus/minus 8 bp.
             The identity of one primer OR the probe are less than 80% OR the length of the amplification product is NOT comprised between reference length plus/minus 8 bp.

If the target sequence is not available the The sequence is not available warning is shown.
Please note that the reverse primer sequence is shown reverted-complemented in the alignments.

Results

Move the mouse cursor over elements to see the details.

Virus name / Accession IDRegionCollection date2019-nCoV_N12019-nCoV_N22019-nCoV_N3E-SarbecoRdRP
Argentina/C3013/2020 EPI_ISL_4205982020-03-22
Argentina/C1374/2020 EPI_ISL_4205992020-03-18
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EPI_ISL_792425Chaco
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EPI_ISL_430799Ciudad Autonoma de Buenos Aires
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EPI_ISL_430801Ciudad Autonoma de Buenos Aires
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EPI_ISL_430807Ciudad Autonoma de Buenos Aires
EPI_ISL_430809Ciudad Autonoma de Buenos Aires
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EPI_ISL_430811Ciudad Autonoma de Buenos Aires
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EPI_ISL_430813Ciudad Autonoma de Buenos Aires
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EPI_ISL_430815Ciudad Autonoma de Buenos Aires
EPI_ISL_430816Ciudad Autonoma de Buenos Aires
EPI_ISL_430817Ciudad Autonoma de Buenos Aires
EPI_ISL_430818Ciudad Autonoma de Buenos Aires
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EPI_ISL_792537Cordoba
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EPI_ISL_792541Cordoba
EPI_ISL_792542Cordoba
EPI_ISL_792543Cordoba
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EPI_ISL_792545Cordoba
EPI_ISL_792546Cordoba
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EPI_ISL_792478Neuquen
EPI_ISL_792479Neuquen
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EPI_ISL_792482Neuquen
EPI_ISL_792483Neuquen
EPI_ISL_792484Neuquen
EPI_ISL_792485Neuquen
EPI_ISL_792486Neuquen
EPI_ISL_792487Neuquen
EPI_ISL_792488Neuquen
EPI_ISL_792490Neuquen
EPI_ISL_792491Neuquen
EPI_ISL_792492Neuquen
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EPI_ISL_792497Neuquen
EPI_ISL_792498Neuquen
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EPI_ISL_792474Rio Negro
EPI_ISL_792475Rio Negro
EPI_ISL_792489Rio Negro
EPI_ISL_792499Rio Negro
EPI_ISL_648217Santa Fe
EPI_ISL_792512Santa Fe
EPI_ISL_792513Santa Fe
EPI_ISL_792514Santa Fe
EPI_ISL_792515Santa Fe
EPI_ISL_792516Santa Fe
EPI_ISL_792517Santa Fe
EPI_ISL_792518Santa Fe
EPI_ISL_792519Santa Fe
EPI_ISL_792520Santa Fe
EPI_ISL_792521Santa Fe
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EPI_ISL_792444Tierra del Fuego
EPI_ISL_792445Tierra del Fuego
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